Яблонский (тайный агент секретной полиции) приезжает в Петербург; он встречается с Судейкиным, инспектором секретной полиции. Недавно в Харькове Яблонский выдал полиции Веру Фигнер (ее арестовали, привезли в Петербург и «показывали» директору департамента полиции Плеве, командиру корпуса жандармов Оржевскому и министру внутренних дел Д. А. Толстому). Яблонский требует аудиенции у министра (Толстого) и государя; Судейкин ожидает для себя разных наград.
Сергей Дегаев, революционер, приезжает в Петербург; он вспоминает своё московское детство, младшего брата Володю (сейчас он живёт в Саратове), сестру Лизу (она учится в консерватории), жену Любу. Когда Дегаев приходит к сестре, он знакомится с её другом Николаем Блиновым, студентом горного института. Блинов тоже занят революционной работой — он показывает Дегаеву «голубя» — унтер-офицера, который переносит записки осуждённых из Петропавловской крепости на волю. Дегаев бывает на конспиративных сходках у братьев Карауловых, где встречается с поэтом Якубовичем и другими революционерами — Флеровым, Куницким, Ювачевым. Прапорщик Ювачев вспомнил свои встречи с Дегаевым в Одессе — тот призывал к террору, что вызывало протест у Ювачева; кроме того, прапорщика настораживали аресты «по следам Дегаева». Дегаев отправляет сестру в Москву, а Блинова в путешествие по России с конспиративными поручениями.
Директор департамента полиции Плеве принимает агента Яблонского; тайно, за шторами, присутствует обер-прокурор Победоносцев, которого заинтересовал агент Яблонский. Агент уверяет директора Плеве, что руководствуется не карьерными и не меркантильными соображениями; он считает, что следует пресечь действия террористической фракции. Плеве напоминает о практических заботах — скоро коронация, следует предупредить возможность покушения на государя. Яблонский «не может дать гарантий», Плеве прощается с ним.
Судейкин в Москве — проверяет готовность к коронации; Лиза Дегаева в Москве ищет рабочего Нила Сизова (к нему у неё записка от брата Сергея), но, не застав его, отдаёт письмо его матери; коронация проходит без эксцессов.
Нил Сизов живёт под Москвой у отца своей невесты Саши. Он был умелым слесарем и токарем, раньше вместе со своим старшим братом Дмитрием работал в железнодорожных мастерских. Сизовы начали вступаться за обиженных рабочих, их арестовали — Нилу удалось бежать, а Дмитрия начальник московского розыска Скандраков начал склонять к сотрудничеству. Доведённый до отчаяния, Дмитрий бросается на Скандракова с ножом, а сам выпрыгивает в окно; Скандраков через некоторое время оправился от ранения, а Дмитрий, сломавший позвоночник, умирает в тюремной больнице. После долгих скитаний по московским ночлежкам Нил поселяется у путевого обходчика Федора, отца Саши.
Володя Дегаев служит в Саратове, находится под секретным надзором полиции; в Саратов приезжает Блинов, знакомится с Володей.
В разговоре Судейкина и Плеве возникает идея покушения на министра Толстого. Этим планом Судейкин делится с Яблонским. Готовится покушение на Толстого; Нил Сизов делает снаряды: ему помогает Володя Дегаев, которого перевели в Петербург.
Дегаев приезжает за границу, встречается с Тихомировым и Ошаниной — революционерами старой гвардии. Перед этим Тихомирову одна из революционерок, приехавших в Париж, сказала о своих подозрениях по поводу Дегаева. На очной ставке с Дегаевым она подтвердила свои обвинения, и Тихомиров убедился в её правоте. В Петербург нелегально, под видом англичанина Норриса, приезжает революционер Герман Лопатин. Он узнает, что везде, где побывал Блинов, эмиссар Дегаева, прошли аресты. Только один дерптский приятель Блинова, о котором тот не сказал Дегаеву, остался на свободе. В разговоре с Дегаевым Лопатин выяснил всю правду: Дегаев и секретный агент Яблонский — одно лицо.
Чтобы отчасти оправдать себя в глазах революционеров, Дегаев-Яблонский устраивает убийство Судейкина. После этого он уезжает за границу — революционеры обещали ему сохранить жизнь. Там же, в Лондоне, оказывается Володя Дегаев, братья плывут в Америку. Блинов, не выдержав подозрений в предательстве (он не знает о разоблачении Дегаева), бросается с моста в Неву и гибнет.
На место Судейкина приглашён из Москвы майор Скандраков — ему предстоит расследовать убийство инспектора полиции. Постепенно арестовывают нескольких подозреваемых — Степана Росси, Конашевича, Стародворского. В Москве арестовывают Флерова и Сизова. Провокатор в камере подговаривает Сизова убить московского прокурора Муравьева и даже вручает ему пистолет; покушение подстроил сам Муравьёв, в собственных целях. Скандраков убеждает Степана Росси назвать имена тех двоих, кто участвовал в убийстве Судейкина. Вернувшийся в Россию Лопатин выслежен и арестован. Арестован Петр Якубович.
Плеве поручает Скандракову разузнать о связях бывшего министра внутренних дел Лорис-Меликова и морганатической супруги Александра II княгини Юрьевской с революционной эмиграцией, в частности с Тихомировым. Второе поручение состоит в том, чтобы выкрасть или выманить Тихомирова к германской границе, где он будет выдан русскому правительству. Скандраков приезжает в Париж, где встречается с агентами русской полиции Ландезеном и Рачковским.
Тихомиров устал и разочарован — революционное движение разгромлено, все кончено. Тяжело заболел его сын Саша, у него менингит; врач предупреждает, что восемь из десяти больных этой болезнью умирают. Но Саша постепенно поправляется, и прежде не веровавший Тихомиров отправляется в православную церковь, где с умилением молится. После выздоровления сына семья Тихомировых поселяется в предместье Парижа Ла-Рэнси.
Скандраков перлюстрирует письма Тихомирова и обнаруживает, что Тихомиров разочаровался в революционной деятельности. После письменного доклада Скандракова в департамент полиции и письма Тихомирова на имя В. К. Плеве с просьбой разрешить вернуться в Россию бывшему революционеру даровано высочайшее прошение и разрешение вернуться, впрочем, под пятилетний надзор полиции. Тихомиров публикует брошюру «Почему я перестал быть революционером»; умный Скандраков понимает, как важны мысли Тихомирова и его отказ от прежних убеждений, но у русского правительства искренность бывшего революционера вызывает подозрения.
На заседании военного суда Лопатин произносит последнее слово; приговор предрешён — смертная казнь через повешение. К повешению приговорены и его товарищи — Якубович, Стародворский и др. Но император Александр III проявляет милость — смертная казнь заменена пожизненным заключением в Шлиссельбурге.
Нил Сизов осуждён на десять лет каторги. Чтобы «уберечь от тлетворного воздействия государственных преступников», его поместили среди уголовных преступников, с партией которых он в поезде доставлен в Одессу, а оттуда морем — на Сахалин. Пароход едва не потонул у берегов Сахалина — спас его «Камень Опасности», на котором пароход застрял. Людей погрузили на шлюпки и перевезли на берег. Нилу скоро открылось, что порядки на каторге — сколок с «мира вольного» — то же всесилие взятки, та же иерархия, тот же обман, та же национальная рознь...
Лопатина поначалу оглушило известие об отмене смертной казни для него и его подельников; в Шлиссельбурге он чувствовал себя как в безмолвной могиле. Смотритель Соколов по кличке Ирод не по службе, а из садистского удовольствия мучает арестантов. Кроме того, у него инструкции. Кажется, что выхода нет и не будет, власть иродов и инструкций над всей Россией бесконечна. «Но прислушайся... Ты слышишь, как гудят и плещут Ладога с Невою? Слушай! Услышишь такое, чего не дано подслушать иродам. И такое, пред чем не властны инструкции».
