Книга открывается коротким авторским уведомлением, что после смерти Хоакина Монегро в его бумагах были обнаружены записки, что-то вроде «Исповеди», обращённой к дочери покойного. Записки эти кое-где иллюстрируют историю, рассказанную автором.
Авель Санчес и Хоакин Монегро росли вместе с младенческих лет, с той поры, когда с ними прогуливались кормилицы. С детства Хоакин выказывал более волевой характер, чем его приятель; зато тот, уступая, всегда умел поставить на своём. Поэтому за Хоакином укрепилась слава резкого и неприятного человека, а за Авелем — милого и славного. Хоакин избрал своим поприщем медицину, а Авель решил посвятить себя живописи. Страстно влюблённый в свою кузину Елену, Хоакин сильно страдает: девушка не отвечает взаимностью на его любовь, но и не отвергает её, играя чувством молодого человека. Когда Хоакин знакомит Авеля с Еленой, художник, потрясённый красотой девушки, решает написать её портрет. Работа над ним завершается их помолвкой, а затем и свадьбой, портрету же суждено стать той первой картиной, после которой внимание публики всегда будет сопровождать Авеля. Хоакин сильно переживает успех своего друга: страдания влюблённого усугубляются уверенностью, что он родился отверженным, которого нельзя любить, а также подозрением, что Авелем двигала не столько любовь к Елене, сколько желание унизить Хоакина. Молодожёны уезжают в свадебное путешествие, а Хоакин с головой уходит в занятия наукой, ища в ней забвения от своего горя. По возвращении Авель тяжело заболевает и оказывается на грани жизни и смерти. Спасение его целиком зависит от Хоакина, который — не без внутренней борьбы — находит в себе силы сделать все для спасения Авеля; тот поправляется.
Хоакин решает жениться, хотя не верит ни в свою способность кого-то полюбить, ни в то, что он может вызвать ответное чувство. Он связывает свою судьбу с Антонией, воплощением нежности и сострадания, которая, почувствовав в Хоакине затаённую боль, полюбила его. После свадьбы Хоакин продолжает работать как одержимый — он мечтает, чтобы его слава врача затмила известность Авеля-художника, которая все растёт. Вся жизнь Хоакина подчинена мучительному, изматывающему его душу соперничеству с Авелем, в презрении которого он твёрдо уверен, и борьбе с ненавистью к бывшему другу, на которую уходят все его силы. Ударом становится для Хоакина известие, что Елена ждёт ребёнка: и здесь он ощущает превосходство Авеля, ведь у них с Антонией пока нет детей. Мальчика называют Авелином, в честь отца. А скоро и у Антонии рождается ребёнок — дочь Хоакинита, к которой отец необычайно сильно привязывается. Его любовь к дочери проистекает не только из естественных родительских чувств, но и из надежды, что ребёнок поможет его духовному обновлению, поможет ему избавиться от обуревавших его недобрых мыслей об Авеле Санчесе.
Тем временем Авель, уже прославленный художник, пишет картину «Авель и Каин», навеянную «Каином» Байрона. Хоакин же склонен видеть в этом полотне отражение их сложных отношений и своих страданий, о которых художник не подозревает. На банкете, посвящённом новой картине Авеля Санчеса, Хоакин, прекрасный оратор, выступает с проникновенной речью, расхваливая новую работу художника. Речь эта оказывается столь блистательной, столь глубокой, что все забывают о картине и говорят лишь о выступлении Хоакина. Это глубоко оскорбляет Елену, усматривающую в поведении врача зависть и желание затмить её мужа, хотя сам Авель и не разделяет такую точку зрения.
Хоакин же в глубине души сожалеет, что не пошёл дальше — не сказал о нарочитости и фальши искусства Авеля, его холодности и подражательности. После этого случая, уступая просьбам жены, врач начинает ходить к исповеди, где не бывал уже много лет. Авель пишет Деву Марию с младенцем — точный портрет Елены и своего сына. Картина имела успех, с неё было сделано множество репродукций, перед одной из которых часто молится Хоакин.
Узнав об интрижке Авеля с натурщицей, Хоакин ещё больше укрепляется в мысли, что Авель женился на Елене не по любви, а лишь ради того, чтобы унизить друга; прошлое чувство к Елене вспыхивает в душе Хоакина с новой силой. Выбрав время, когда Авеля нет дома, он отправляется к Елене и признается ей в своей страсти, в том, что перед её образом, стоя на коленях, молится Богородице. Натолкнувшись на холодность женщины, Хоакин не останавливается перед тем, чтобы сообщить ей о связи её мужа с натурщицей, но тщетно — Елена неумолима, и никаких чувств, кроме презрения, к Хоакину не выказывает.
Отныне все помыслы и силы врача сосредоточены на обожаемой дочери, на её воспитании и обучении. Между тем сын Авеля пошёл по медицинской части, и когда он завершил образование, отец обратился к Хоакину с просьбой взять юношу ассистентом. Тот соглашается, в глубине души надеясь, что Авелин окажется посредственностью и его поражение на научном поприще с лихвой отплатит Хоакину за непомерную славу отца. Однако Авелин оказывается очень способным, и неожиданно они с Хоакином проникаются друг к другу горячей симпатией. Юноша уговаривает учителя написать книгу, где тот мог бы обобщить все свои знания, но поскольку Хоакин не может оставить практику, они решают, что книгу — по запискам Хоакина — напишет Авелин. От юноши врач узнает, что тот тоже считает своего отца холодным и рассудочным человеком; он жалуется, что отец никогда не уделял ему внимания.
Между юношей и Хоакином складываются такие тёплые, доверительные отношения, что у врача рождается мысль выдать за ассистента свою дочь. Однако замысел этот наталкивается на неожиданное препятствие: Хоакина решила посвятить себя Богу и уйти в монастырь. Из задушевного разговора с дочерью отец узнает, что такое решение продиктовано желанием излечить отца от разъедающих его душу страданий, об истоках которых девушка не имеет ни малейшего представления, но которые остро чувствует. Как любящая дочь, Хоакина уступает мольбам отца и соглашается отменить своё решение уйти в монастырь и быть благосклонной к ухаживаниям Авелина. Вскоре состоялась помолвка молодых людей. После свадьбы они живут в доме Хоакина, где сразу становится теплее и уютнее. Елена часто навещает детей, стараясь по своему вкусу изменить быт и уклад дома, внести в него светское изящество и элегантность. Антония, со свойственной ей покорностью, обычно соглашается со всеми предложениями Елены; примеру матери следует и Хоакина, но свекровь постоянно ощущает её скрытое недовольство, и отношения между двумя женщинами довольно напряжённые. Хоакина, сама естественность и простота, не может побороть неприязненного отношения к деланной светскости Елены; к тому же ей известно, что когда-то эта женщина отвергла любовь её отца, причинив ему немало страданий.
Когда у молодых рождается первенец, его после колебаний называют Хоакином. Ребёнок растёт здоровым и красивым, и хотя все его балуют, он непроизвольно тянется к Авелю: ему нравятся его рассказы, его рисунки, краски. Все это пробуждает в душе Хоакина-старшего былую ненависть к Авелю, от которой, как он полагал, ему давно удалось избавиться. И тогда он решается откровенно поговорить с Авелем, умоляя не лишать его любви внука. Разговор принимает резкий характер, мужчины осыпают друг друга упрёками, припоминая старые обиды и отлично зная больные места друг друга. В какой-то момент, не выдержав, Хоакин хватает Авеля за горло, но тут же разжимает пальцы — Авель начинает хрипеть и испускает дух.
Хоакин переживает Авеля на год. И все это время его мучает мысль, что это он стал причиной смерти бывшего друга, оказался в роли Каина, убившего Авеля. Какая-то таинственная, непонятная болезнь укладывает его в постель. Почувствовав приближение смерти, Хоакин вызывает жену, детей и Елену. Когда все собираются у его постели, он признается, что считает себя виноватым в смерти Авеля, который умер почти в его руках, в тот момент, когда Хоакин схватил его за горло. Умирающий рассказывает, каким кошмаром была вся его жизнь, и просит прощения у близких, в первую очередь у Антонии, которую считает своей главной жертвой. Оплакиваемый собравшимися и больше всех преданной Антонией, Хоакин отходит в мир иной.