В праздник Вознесения, часов около трёх пополудни, через Чёрные ворота в Дрездене стремительно шёл молодой человек, студент по имени Ансельм. Случайно он опрокинул огромную корзину с яблоками и пирожками, которыми торговала безобразная старуха. Он отдал старухе свой тощий кошелёк. Торговка торопливо схватила его и разразилась ужасными проклятьями и угрозами. «Попадёшь под стекло, под стекло!» — кричала она. Сопровождаемый злорадным смехом и сочувствующими взглядами, Ансельм свернул на уединённую дорогу вдоль Эльбы. Он начал громко жаловаться на свою никчёмную жизнь.
Монолог Ансельма был прерван странным шуршанием, которое доносилось из куста бузины. Раздались звуки, похожие на звон хрустальных колокольчиков. Посмотрев наверх, Ансельм увидел трёх прелестных золотисто-зелёных змеек, обвивших ветви. Одна из трёх змеек протянула свою головку к нему и с нежностью взглянула на него чудными тёмно-голубыми глазами. Ансельма охватило чувство высочайшего блаженства и глубочайшей скорби. Внезапно раздался грубый густой голос, змейки бросились в Эльбу и исчезли так же внезапно, как и возникли.
Ансельм в тоске обнял ствол бузины, пугая своим видом и дикими речами гуляющих в парке горожан. Услышав нелесные замечания на свой счёт, Ансельм очнулся и бросился бежать. Вдруг его окликнули. Это оказались его друзья — регистратор Геербранд и конректор Паульман с дочерьми. Конректор пригласил Ансельма прокатиться с ними на лодке по Эльбе и завершить вечер ужином в его доме. Теперь Ансельм ясно понимал, что золотые змейки были всего лишь отражением фейерверка в листве. Тем не менее, то самое неведомое чувство, блаженство или скорбь, снова сжимало его грудь.
Во время прогулки Ансельм чуть не перевернул лодку, выкрикивая странные речи о золотых змейках. Все сошлись во мнении, что молодой человек явно не в себе, и виной тому его бедность и невезучесть. Геербранд предложил ему за приличные деньги наняться писцом к архивариусу Линдгорсту — он как раз искал талантливого каллиграфа и рисовальщика для копирования манускриптов из своей библиотеки. Студент был искренне рад этому предложению, потому что его страстью было — копировать трудные каллиграфические работы.
Утром следующего дня Ансельм принарядился и отправился к Линдгорсту. Только он хотел взяться за дверной молоток на двери дома архивариуса, как вдруг бронзовое лицо искривилось и превратилось в старуху, чьи яблоки Ансельм рассыпал у Чёрных ворот. Ансельм в ужасе отшатнулся и схватился за шнурок звонка. В его звоне студенту послышались зловещие слова: «Быть тебе уж в стекле, в хрустале». Шнур звонка спустился вниз и оказался белою прозрачною исполинскою змеёю. Она обвила и сдавила его, так что кровь брызнула из жил, проникая в тело змеи и окрашивая его в красный цвет. Змея подняла голову и положила свой язык из раскалённого железа на грудь Ансельма. От резкой боли он лишился чувств. Студент очнулся в своей бедной постели, а над ним стоял конректор Паульман.
После этого происшествия Ансельм никак не решался вновь подойти к дому архивариуса. Никакие убеждения друзей ни к чему не привели, студента сочли в самом деле душевнобольным, и, по мнению регистратора Геербранда, самым лучшим средством от этого была работа у архивариуса. С целью познакомить Ансельма и Линдгорста поближе, регистратор как-то вечером устроил им встречу в кофейне.
В тот вечер архивариус рассказал странную историю об огненной лилии, которая родилась в первозданной долине, и о юноше Фосфоре, к которому лилия воспылала любовью. Фосфор поцеловал лилию, она вспыхнула в ярком пламени, из неё вышло новое существо и улетело, не заботясь о влюблённом юноше. Фосфор стал оплакивать потерянную подругу. Из скалы вылетел чёрный дракон, поймал это существо, обнял его крыльями, и оно вновь превратилось в лилию, но её любовь к Фосфору стала острой болью, от которой всё вокруг поблекло и увяло. Фосфор сразился с драконом и освободил лилию, которая стала царицей долины. «Я происхожу именно из той долины, и огненная лилия была моя пра-пра-пра-прабабушка, так что я сам — принц» — заявил в заключение Линдгорст. Эти слова архивариуса вызвали трепет в душе студента.
Каждый вечер студент приходил к тому самому кусту бузины, обнимал его и горестно восклицал: «Ах! Я люблю тебя, змейка, и погибну от печали, если ты не вернёшься!». В один из таких вечеров к нему подошёл архивариус Линдгорст. Ансельм рассказал ему обо всех необычайных происшествиях, которые с ним случились в последнее время. Архивариус сообщил Ансельму, что три змейки — его дочери, и он влюблён в младшую, Серпентину. Линдгорст пригласил молодого человека к себе и дал ему волшебную жидкость — защиту от старухи-ведьмы. После этого архивариус превратился в коршуна и улетел.
Дочь конректора Паульмана Вероника, случайно услышав о том, что Ансельм может стать надворным советником, стала мечтать о роли надворной советницы и его супруги. В самый разгар своих мечтаний она услышала неведомый и страшный скрипучий голос, который произнёс: «Не будет он твоим мужем!».
Услышав от подруги, что в Дрездене живёт старая гадалка фрау Рауэрин, Вероника решилась обратиться к ней за советом. «Оставь Ансельма, — сказала девушке ведунья. — Он скверный человек. Он связался с моим врагом, злым стариком. Он влюблён в его дочку, зелёную змейку. Он никогда не будет надворным советником». Недовольная словами гадалки, Вероника хотела уйти, но тут гадалка превратилась в старую няньку девушки, Лизу. Чтобы задержать Веронику, нянька сказала, что постарается исцелить Ансельма от чар колдуна. Для этого девушка должна прийти к ней ночью, в будущее равноденствие. Надежда снова проснулась в душе Вероники.
Тем временем Ансельм приступил к работе у архивариуса. Линдгорст дал студенту какую-то чёрную массу вместо чернил, странно окрашенные перья, необыкновенно белую и гладкую бумагу и велел копировать арабский манускрипт. С каждым словом возрастала храбрость Ансельма, а с нею — и умение. Юноше казалось, что серпентина помогает ему. Архивариус прочёл его тайные мысли и сказал, что эта работа — испытание, которое приведёт его к счастью.
В холодную и ветреную ночь равноденствия гадалка привела Веронику в поле. Она развела огонь под котлом и бросила в него те странные тела, которые принесла с собой в корзине. Вслед за ними в котёл полетел локон с головы Вероники и её колечко. Ведьма велела девушке не отрываясь смотреть в кипящее варево. Вдруг из глубины котла вышел Ансельм и протянул Веронике руку. Старуха открыла кран у котла, и в подставленную форму потёк расплавленный металл. В ту же минуту над её головой раздался громовой голос: «Прочь, скорей!» Старуха с воем упала наземь, а Вероника лишилась чувств. Придя в себя дома, на своей кушетке, она обнаружила в кармане насквозь промокшего плаща серебряное зеркальце, которое было минувшей ночью отлито гадалкой. Из зеркальца, как ночью из кипящего котла, на девушку смотрел её возлюбленный.
Студент Ансельм уже много дней работал у архивариуса. Списывание шло быстро. Ансельму казалось, что строки, которые он копирует, уже давно ему известны. Он всё время чувствовал рядом с собой Серпентину, иногда его касалось её лёгкое дыхание. Вскоре Серпентина явилась студенту и рассказала, что её отец на самом деле происходит из племени Саламандр. Он полюбил зелёную змейку, дочь лилии, которая росла в саду князя духов Фосфора. Саламандр заключил змейку в объятия, она распалась в пепел, из него родилось крылатое существо и улетело прочь.
В отчаянии Саламандр побежал по саду, опустошая его огнём. Фосфор, князь страны Атлантиды, разгневался, потушил пламя Саламандра, обрёк его на жизнь в образе человека, но оставил ему волшебный дар. Только тогда Саламандр сбросит это тяжкое бремя, когда найдутся юноши, которые услышат пение трёх его дочерей и полюбят их. В приданое они получат Золотой горшок. В минуту обручения из горшка вырастет огненная лилия, юноша поймёт её язык, постигнет все, что открыто бесплотным духам, и со своей возлюбленной станет жить в Атлантиде. Вернётся туда и получивший наконец прощение Саламандр. Старуха-ведьма стремиться к обладанию золотым горшком. Серпентина предостерегла Ансельма: «Берегись старухи, она тебе враждебна, так как твой детски чистый нрав уже уничтожил много её злых чар». В заключение поцелуй обжог губы Ансельма. Очнувшись, студент обнаружил, что рассказ Серпентины запечатлён на его копии таинственного манускрипта.
Хотя душа Ансельма была обращена к дорогой Серпентине, он иногда невольно думал о Веронике. Вскоре Вероника начинает являться ему во сне и постепенно завладевает его мыслями. Однажды утром вместо того, чтобы идти к архивариусу, он отправился в гости к Паульману, где провёл весь день. Там он случайно увидел волшебное зеркальце, в которое стал смотреться вместе с Вероникой. В Ансельме началась борьба, а потом ему стало ясно, что он всегда думал только о Веронике. Горячий поцелуй сделал чувство студента ещё прочнее. Ансельм пообещал Веронике жениться на ней.
После обеда явился регистратор Геербранд со всем, что требуется для приготовления пунша. С первым глотком напитка странности и чудеса последних недель вновь восстали перед Ансельмом. Он начал вслух грезить о Серпентине. Неожиданно вслед за ним хозяин и Геербранд принимаются кричать и реветь, точно бесноватые: «Да здравствует Саламандр! Да сгинет старуха!» Вероника напрасно пыталась убедить их, что старая Лиза непременно одолеет чародея. В безумном ужасе Ансельм убежал в свою коморку и заснул. Проснувшись, он снова начал мечтать о своей женитьбе на Веронике. Теперь ни сад архивариуса, ни сам Линдгорст уже не казались ему такими волшебными.
На следующий день студент продолжил свою работу у архивариуса, но теперь ему показалось, что пергамент рукописи покрыт не буквами, а запутанными закорючками. Пытаясь скопировать букву, Ансельм капнул на рукопись чернилами. Из пятна вылетела голубая молния, в густом тумане появился архивариус и жестоко наказал студента за ошибку. Линдгорст заточил Ансельма в одну из тех хрустальных банок, что стояли на столе в кабинете архивариуса. Рядом с ним стояло ещё пять склянок, в которых юноша увидел трёх школяров и двух писцов, когда-то тоже работавших на архивариуса. Они стали насмехаться над Ансельмом: «Безумец воображает, будто сидит в склянке, а сам стоит на мосту и смотрит на своё отражение в реке!». Смеялись они и над полоумным стариком, осыпающим их золотом за то, что они рисуют для него каракули. Ансельм отвернулся от легкомысленных товарищей по несчастью и направил все мысли и чувства на дорогую Серпентину, которая по-прежнему любила его и старалась, как могла, облегчить положение Ансельма.
Вдруг Ансельм услышал глухое ворчание и в старом кофейнике, стоящем напротив, узнал ведьму. Она пообещала ему спасение, если он женится на Веронике. Ансельм гордо отказался. Тогда старуха схватила золотой горшок и попыталась скрыться, но её настиг архивариус. В следующий миг студент увидел смертный бой между чародеем и старухой, из которого Саламандр вышел победителем, а ведьма превратилась в гадкую свёклу. В этот миг торжества перед Ансельмом явилась Серпентина, возвещая ему о дарованном прощении. Стекло треснуло, и он упал в объятия прелестной Серпентины.
На следующий день регистратор Геербранд и конректор Паульман никак не могли понять, каким образом обыкновенный пунш довёл их до таких излишеств. Наконец они решили, что во всём виноват проклятый студент, который заразил их своим сумасшествием. Прошло много месяцев. В день именин Вероники в дом Паульмана пришёл новоиспечённый надворный советник Геербранд и предложил девушке руку и сердце. Она согласилась и рассказала будущему мужу о своей любви к Ансельму и о колдунье. Несколько недель спустя госпожа надворная советница Геербранд поселилась в прекрасном доме на Новом рынке.
Автор получил письмо от архивариуса Линдгорста с разрешением предать публичной огласке историю странной судьбы его зятя, бывшего студента, а в настоящее время — поэта Ансельма, и с приглашением завершить повесть о Золотом горшке в той самой зале его дома, где трудился достославный студент Ансельм. Сам же Ансельм обручился с Серпентиной в прекрасном храме, вдохнул аромат лилии, которая выросла из золотого горшка, и обрёл вечное блаженство в Атлантиде.