«Рассказ…» начинается с молитвы Иннокентия, автора произведения, который просит Господа помочь в его труде. Это традиционный прием, используемый в житийной литературе. Далее начинается непосредственно само повествование, ведущееся от первого лица. В четверг третьей недели после Пасхи старец Пафнутий зовёт к себе инока Иннокентия походить с ним за монастырём. Когда Пафнутий и его ученик приходят к пруду и подходят к месту за плотиной, они видят просочившийся через неё ручей. Старец наставляет Иннокентия, как преградить путь воде. Ученик недоумевает, зачем старец говорит это сейчас — вот он придёт с братией работать, а старец будет ими руководить. Пафнутий же отвечает на это, что у него есть более важное дело.

После службы шестого часа Пафнутий зовёт инока к себе в келью. Тот, входя, видит Пафнутия в постели во всём облачении. Блаженный говорит ученику, что «узы должны разрешиться». Не понимая его слов, охваченный от этого страхом, Иннокентий ничего не говорит и подчиняется Пафнутию — идёт работать на плотину, куда посылает его игумен. Но ни сам Иннокентий, ни другие иноки не могут работатьиз-за «смятения» в душах.

Возвратившись в монастырь, иноки застают Пафнутия в келье. Тот просит поскорее послать к князю Михаилу и просит его, чтобы князь больше сам в монастырь не ездил и никого к Пафнутию не посылал, потому что «приспели» «иные заботы». Вечером игумен не присутствует на службе в церкви, а на недоумённые вопросы иноков отвечает, что в тот же день недели, четверг, избавится от своей немощи. Таким образом, автор показывает, что блаженный Пафнутий уже заранее знает время своей смерти. Непонимание же иноков намеренно утрировано в повествовании, чтобы подчеркнуть дар предвидения святого, чего не дано простым людям.

Утреннюю службу Пафнутий слушает опять в своей келье, а затем призывает всех братьев и просит у них прощения. При этом он отказывается благословить ремесленника Дионисия, случайно находящегося в это время в монастыре, объясняя это тем, что сам себе не может помочь. Игумен отпускает братию (всего тогда в монастыре было девяносто пять человек, как отмечает Иннокентий), а Иннокентия просит оставаться при нём постоянно. Ученик подробно описывает, какие службы провёл Пафнутий. Таким образом, действительно можно предположить, что «Рассказ…» писался на основании реальных дневниковых записей, так как иноки исчисляли время суток по церковным службам.

Тем временем князь Михаил присылает узнать, почему не велел Пафнутий никого принимать, на что старец отвечает: «Нет у него до меня никакого дела». Игумен также не принимает из тверского удела грамоты и деньги и сердится, когда Иннокентий пытается всё-таки оставить их. Автор всё время подчёркивает, что старец Пафнутий отрекается от всех земных дел и духовно начинает готовиться к смерти, когда этого ещё не понимает никто из окружающих. Одни черты, которые отмечает Иннокентий в поведении игумена, привычны для окружающих, но обострены (например, не пропускать ни одного стиха или слова в стихе), другие непривычны (он позволяет зажечь светильник в келье после вечерни, хотя обычно всегда молился после службы в темноте, зовёт к себе священника перед причастием, хотя до этого никогда ни с кем в такой ситуации не говорил даже о самых неотложных делах).

Описаны в «Рассказе…» и отношения со светской властью. Не смотря на то, что Пафнутий не хочет принимать посланников князя Михаила, даже священника, он своими действиями не только показывает собственную отрешённость от мира, но и неправоту князя, поскольку тот просит благословения только для себя и одного сына. «А князь Василий разве не сын ему? Сам в своей семье раздор заводит», — говорит старец Пафнутий. Поп Иван, посланец князя, всё-таки пытается добиться своего и получить благословение. Он проходит в церковь, рассчитывая встретить там игумена во время службы. Пафнутий же, заметив это, быстро проходит в алтарь. И лишь после того как поп покидает монастырь, Пафнутий выходит из церкви и возвращается в свою келью.

Отказом принять грамоты, дары, посланцев отвечает Пафнутий и на просьбы других князей — великого князя Ивана Васильевича, великой княгини Марии, великой княгини Софьи-гречанки.

На вопрос Иннокентия, каково будет его завещание по поводу монастырского устроения, Пафнутий отвечает пространной беседой, а преемника после себя на игуменство не называет, говоря, что поручает монастырь Пречистой. Иннокентий отмечает, что игумен и раньше никогда не называл монастырь своим, но Пречистой, говоря: «Та создала». Непосредственно перед смертью Пафнутий предсказывает мятеж среди братии. В контексте его предыдущих слов это можно понимать как то, что у старца не было близкого ученика, которого бы он хотел видеть игуменом, а поэтому он считал возможными разногласия между братией по этому поводу. В дальнейшем, в «Житии Иосифа Волоцкого», будет сказано, что св. Пафнутий завещал свой монастырь Иосифу, который был его ближайшим учеником.

Смерть святого описывается просто и в то же время трога тельно: «И отлетела душа от старца, ибо уснул вечным сном, ноги вытянул и руки на груди крестообразно сложил, присоединился к святым отцам, житию которых подражал».  Автор пересказа: Е. Б. Рогачевская