Самое долгожданное событие для семинарии — вакансии, когда бурсаки (казённокоштные семинаристы) распускаются по домам. Группами они направляются из Киева по большой дороге, зарабатывая пропитание духовным песнопением по зажиточным хуторам.
Три бурсака: богослов Халява, философ Хома Брут и ритор Тиберий Горобец, — сбившись в ночи с дороги, выходят к хутору. Старуха хозяйка пускает бурсаков переночевать с условием, что положит всех в разных местах. Хома Брут уже собирается заснуть мертвецки в пустом овечьем хлеву, как вдруг входит старуха. Сверкая глазами, она ловит Хому и вспрыгивает ему на плечи. «Эге, да это ведьма», — догадывается бурсак, но уже несётся над землёй, пот катится с него градом. Он начинает припоминать все молитвы и чувствует, что ведьма при этом ослабевает. С быстротою молнии успевает Хома выпрыгнуть из-под старухи, вскакивает ей на спину, подхватывает полено и начинает охаживать ведьму. Раздаются дикие вопли, старуха падает в изнеможении на землю — и вот уже перед Хомой лежит с последними стонами молодая красавица. В страхе бурсак пускается бежать во весь дух и возвращается в Киев.
Хому призывает к себе ректор и приказывает ехать в дальний хутор к богатейшему сотнику — читать отходные молитвы по его дочери, возвратившейся с прогулки избитой. Предсмертное желание панночки: отходную по ней три ночи должен читать семинарист Хома Брут. Чтобы он не сбежал по дороге, прислана кибитка и человек шесть здоровых Козаков. Когда бурсака привозят, сотник спрашивает его, где он познакомился с его дочкой. Но Хома сам этого не знает. Когда его подводят к гробу, он узнает в панночке ту самую ведьму.
За ужином бурсак слушает рассказы Козаков о проделках панночки-ведьмы. К ночи его запирают в церкви, где стоит гроб. Хома отходит к клиросу и начинает читать молитвы. Ведьма встаёт из гроба, но натыкается на очерченный Хомой вокруг себя круг. Она возвращается в гроб, летает в нем по церкви, но громкие молитвы и круг защищают Хому. Гроб падает, позеленевший труп встаёт из него, но слышится отдалённый крик петуха. Ведьма падает в гроб, и крышка его захлопывается.
Днём бурсак спит, пьёт горилку, слоняется по селению, а к вечеру становится все задумчивее. Его опять отводят в церковь. Он чертит спасительный круг, читает громко и поднимает голову. Труп стоит уже рядом, вперив в него мёртвые, позеленевшие глаза. Страшные слова ведьминых заклинаний ветер несёт по церкви, несметная нечистая сила ломится в двери. Крик петуха вновь прекращает бесовское действо. Ставшего седым Хому находят утром еле живого. Он просит сотника отпустить его, но тот грозит страшным наказанием за непослушание. Хома пытается бежать, но его ловят.
Тишина третьей адской ночи внутри церкви взрывается треском железной крышки гроба. Зубы ведьмы стучат, с визгом несутся заклинания, двери срываются с петель, и несметная сила чудовищ наполняет помещение шумом крыл и царапаньем когтей. Хома уже поёт молитвы из последних сил. «Приведите Вия!» — кричит ведьма. Приземистое косолапое чудовище с железным лицом, предводитель нечистой силы, тяжёлыми шагами вступает в церковь. Он приказывает поднять ему веки. «Не гляди!» — слышит внутренний голос Хома, но не удерживается и смотрит. «Вот он!» — указывает Вий на него железным пальцем. Нечистая сила кидается на философа, и дух вылетает из него. Уже второй раз кричит петух, первый прослушали духи. Они бросаются прочь, но не успевают. Так и остаётся навеки стоять церковь с завязнувшими в дверях и окнах чудовищами, обрастает бурьяном, и никто не найдёт к ней теперь дороги.
Узнав об участи Хомы, Тиберий Горобец и Халява поминают в Киеве его душу, заключая после третьей кружки: пропал философ оттого, что побоялся.
